Actualmente en la División de Mastozoología se encuentran ingresados especímenes de mamíferos del Ecuador, provenientes de 23 provincias de las cuatro regiones naturales del país. Aproximadamente la colección representa el 76% de todas las especies de la mastofauna ecuatoriana (471) con 362 especies ingresadas. Curadores de la división antes del 2003: Fabián Navas, Igor Castro, y Juan Rivadeneira. Período 2004 al 2008: Rodrigo Arcos. Período 2008-2013: Darío Reina y Pablo Moreno. Período 2014-2016: Jorge Brito. Período 2016-actualidad: Pablo Moreno y Jorge Brito. Los especímenes que reposan en la División de Mastozoología proceden en su mayoría de investigaciones institucionales, pero también provienen de depósitos de empresas consultoras y de investigadores asociados. En la colección se resguarda 14 holotipos.